上海建设合同纠纷律师在建设工程合同纠纷中，当前司法实践中主要存在八大难题:
1.在建设资金严重拖欠的背景下，如何保障农民工工资为最低水平；
2.一个项目签订了几个合同，就是黑白合同，应该作为定价的依据；
3.拖欠项目资金应计利息，应如何计利息；
4.拖欠工程款可以延期，为什么可以延期，应该具备什么条件；
5.垫付资金是否违法，如何准确认定，如何处理；
6.发包人迟迟不确认工程结算依据是什么；
7.如何把握成本鉴定，鉴定结论是否能自然作为判断依据；
8.审计报告与结算协议发生冲突时，以什么为准？
上述问题之所以成为法律难题，是因为原立法时无法预测司法实践中的复杂情况，立法本身也没有对这些问题做出明确规定，所以现有法律法规很难找到明确直接的法律依据来解决问题。面对这样的实际情况，在目前立法难以一下子完善的前提下，最高法院的司法解释不失为最有效的应对措施。
:通过连带责任制度对农民工工资给予特殊保护。
农民工工资拖欠是直接影响社会稳定的大问题，农民工工资问题往往因转包或违规转包而复杂化。在立法层面，农民工工资的合同载体是劳动合同，即使在目前的建设项目法律框架下，也没有涉及法律法规。关于拖欠农民工工资问题，《司法解释》第29条对农民工工资问题作了特别保护性规定:“违法分包和转包被确认无效，实际施工人和用人单位已经全面、切实履行合同，形成事实上的权利义务关系。实际施工人向用人单位主张权利的，人民法院应予支持。如果实际建造人起诉分包人、分包人、发包人为共同被告，要求承担连带责任，应予支持。”司法解释可以从我国民事诉讼法第97条找到依据。法律规定:“人民法院根据当事人的申请，可以裁定先执行下列案件:(一)追索赡养费、扶养费、抚育费、抚恤金、医疗费；(二)追索劳动报酬；(3)因情况紧急，需先行实施。”我认为司法解释对于解决农民工工资问题有法律依据。
此外，鉴于实践中与农民工工资直接相关的劳动合同，司法解释第七条还规定:“当事人主张总承包方和分包方与具有合法劳务作业资格的劳务作业承包方签订的劳务作业分包合同为分包合同；如果请求确认无效，将不予支持。司法解释的这一相应规定事实上确认了劳动合同的合法性。至于劳动合同和分包合同的区别，主要看两个合同所指向的对象。劳动合同只涉及人工费，不涉及分包工程；分包不仅涉及劳务，还涉及分包项目。从技术角度来说，劳动合同只计算劳动报酬，只包含劳动；分包，计算分包工程的价格，是承包劳务和材料的一种承包形式。
对策二:黑白合同按照中标合同的定价标准结算。
目前司法实践中另一个比较突出的矛盾是，合同双方在中标前后就一个项目签订了两个或两个以上的合同，而且几个合同的计价方式不同。在施工过程中，双方往往实际履行黑合同而没有中标。对于这种情况，很多办案法官不知所措，有着不同的办案方式。司法解释第二十三条对此作了统一规定:“当事人就同一建设工程订立与中标合同实质内容不一致的其他合同的，应当以中标备案合同为结算工程款的依据。”司法解释只是对黑白合同的工程款结算依据做出了统一规定，为司法实践中黑白合同的主要矛盾提供了最有用的药方，为这类疑难案件的实际解决做出了贡献。
对于黑白合同的不同表现和评价标准，笔者认为黑白合同主要有三种情况:第一，是否通过招标来判断黑白合同；二是地方政府对项目合同有备案或审批规定的，以是否备案或审批来判断是非黑白合同；第三，不属于以上两种情况。当事人先后签订了两份内容不同的合同，以判断是否实际履行。针对以上三种不同的情况，由于按照法律的相关规定对其效力的准确认定，首先，如果本合同必须招标而不招标，就会出现黑白合同，以招标为准。二、如果一个合同按照政府规定要备案，则先后签订了两个合同，一个备案，一个不备案，以备案的合同为准。第三，如果先后签订的两份合同没有具体要求，则以实际合同为准。这是判断黑白合同有效性的标准。
对策三:逾期项目资金的应计利息根据不同情况计算。
拖欠项目资金案件审理中的另一个具体问题是如何计算拖欠项目资金的利息。由于承包商履约管理和数据积累的缺陷，司法实践中往往难以确定工程款项何时拖欠，利息计算的起始时间成为审判中的难题。司法解释第二十一条明确规定:“合同未约定拖欠工程款利息，发包人应按中国人民银行同期同类贷款利率向承包人支付拖欠工程款利息。利息应从约定付款后的第二天开始计算。付款时间没有约定或者难以按照约定确定付款时间的，按照合同约定从工程价款结算之日起计算利息。如果工程款项的结算时间难以确定，则从工程交付后的次日起计算。”
同时，对于垫付资金的承包工程，司法解释第六条规定:“合同有垫付资金和垫付资金支付利息的约定。承包人主张发包人按约定支付预付款本息的，应予支持。合同中没有约定预付利息，承包人主张发包人支付利息的，不予支持。合同没有约定预付款，发包人的未付金额按工程款处理。”司法解释对五种不同情况下建设资金拖欠利息的计算作出了不同的规定，能够适应此类不同案件审理中的不同实际情况。
对策四:工程款拖欠可以延期工期，但承包商必须提前发出书面提醒。
催工程款的情况下还有一个比较复杂的问题:承包人因拖欠工程款提起诉讼时，发包人往往以工期逾期为由提出反诉，往往会提出几亿或几千万的逾期赔偿，目的是抵消承包人的诉讼请求；而承包人以发包人逾期付款期限可以延期为由提出的反诉抗辩，在司法实践中往往得不到法官的支持，因为法官的自由裁量权缺乏统一的操作规则。《合同法》规定，承包人可以顺延工期。《合同法》第二百七十八条规定:“隐蔽工程隐蔽前，承包人应当通知发包人检查。如果发包人未能及时检查，承包人可以推迟工程日期，并有权要求赔偿停工、窝工等损失。”《合同法》第二百八十三条规定:“发包人未按照约定的时间和要求提供原材料、设备、场地、资金和技术资料的，承包人可以顺延工程日期，并有权要求赔偿停工、窝工等损失。”《合同法》第二百八十四条规定:“因发包人原因造成工程暂停或者延误施工的，发包人应当采取措施弥补或者减少损失，并赔偿承包人因停工、窝工、运输、机械设备搬迁、材料和构配件积压等原因造成的损失和实际费用。”问题是这三条规定用的字都是“是”。就法律意义而言，“可以”是任意语气词。对于《合同法》上述三部法律规定的理由，法官有权根据案件的实际情况作出裁量，可以决定是否顺延工期。至于法官应该以什么作为判断标准，法律本身并没有规定。
上海建设合同纠纷律师针对法官在是否延期工期问题上滥用过度自由裁量权，《司法解释》第17条统一规定:“发包人违反《合同法》第278条、第283条、第284条规定的，承包人应当及时书面督促发包人在合理期限内履行义务。如果发包人未能在合理期限内履行其义务，承包人有权向发包人索赔。